過去の発表論文

2017年の発表論文

Template-based quaternary structure prediction of proteins using enhanced profile-profile alignments

*Tsukasa Nakamura, Toshiyuki Oda, Yoshinori Fukasawa, and Kentaro Tomii
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics(2017)
(2017/11/22)

博士課程2年 中村司    分子機能情報学分野(富井健太郎研究室)
世界的なタンパク質立体構造予測実験CASP12におけるassembly部門で1位となった我々の手法の紹介と結果に関する解析

Comprehensive identification of nuclear and cytoplasmic TNRC6A-associating proteins

Masataka Suzawa, *Kentaro Noguchi, Kenji Nishi, Hiroko Kozuka-Hata, Masaaki Oyama, Kumiko Ui-Tei.
J. Mol. Biol. Volume 429, Issue 21, 27 October 2017
(2017/11/22)

修士課程2年 野口賢太郎    生物情報科学分野(程久美子研究室)
RNAサイレンシングにおいて足場タンパク質として働くTNRC6A (GW182)と核内および細胞質でそれぞれ相互作用する因子を網羅的に同定した。

Genomic landscape of colitis-associated cancer indicates the impact of chronic inflammation and its stratification by mutations in the Wnt signaling

Masashi Fujita, Nagahide Matsubara, Ikuo Matsuda, Kazuhiro Maejima, Ayako Ohsawa, Tomoki Yamano, Akihiro Fujimoto, Mayuko Furuta, Kaoru Nakano, Aya Oku-Sasaki, Hiroko Tanaka, Yuichi Shiraishi, *Raúl Mateos, Kenta Nakai, Satoru Miyano, Naohiro Tomita, Seiichi Hirota, Hiroki Ikeuchi, Hidewaki Nakagawa
Oncotarget, in press  doi.org/10.18632/oncotarget.22867
(2017/11/16)

博士課程1年 Raul Nicolas Mateos    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
理研グループを中心とした大腸炎関連ガンのゲノム解析に、インフォマティクスの立場から協力した。

Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciationn

*Kazuki Ichikawa, *Shingo Tomioka, *Yuta Suzuki, Ryohei Nakamura, Koichiro Doi, Jun Yoshimura, Masahiko Kumagai, Yusuke Inoue, Yui Uchida, Naoki Irie, Hiroyuki Takeda, and Shinich Morishita
Nature Communications 8, Article number: 1833 (2017) doi:10.1038/s41467-017-01982-7
(2017/10/31)

修士修了 市川和樹、修士修了 富岡真悟、博士課程1年 鈴木裕太   大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
一分子計測技術を用いメダカドラフトゲノムを作成した近交系間のセントロメア領域の比較で、セントロメアの進化速度が染色体中の位置により異なり、近交系ごとに独自のメチル化状態を持つことが判明した。

Phylogenetic Network Analysis Revealed the Occurrence of Horizontal Gene Transfer of 16S rRNA in the Genus Enterobacter.

*Sato M, Miyazaki K.
Front Microbiol. 2017 Nov 16;8:2225.   doi: 10.3389/fmicb.2017.02225. eCollection 2017.
(2017/10/30)

博士課程修了 佐藤允治    生命機能分子工学分野(宮崎健太郎研究室)
組換えを想定した遺伝子の進化史を解析する上で、二分岐型系統樹をモデルとした一般的な解析方は不適当であり、系統ネットワーク解析という手法を使って16S rRNA遺伝子の解析を行った結果、Enterobacterという属内で頻繁に水平伝播していることを示した。

Decreased expression of Interferon-induced protein 2 (IFIT2) by Wnt/β-catenin signaling confers anti-apoptotic properties to colorectal cancer cells

*Tomoyuki Ohsugi (D3), Kiyoshi Yamaguchi, Chi Zhu, Tsuneo Ikenoue, Yoichi Furukawa
Oncotarget. 2017 Oct 26;8(59):100176-100186. doi: 10.18632/oncotarget.22122. PMID: 29245969
(2017/10/26)

博士課程3年 大杉友之    臨床ゲノム腫瘍学分野(古川洋一研究室)
本論文では、Wntシグナルの活性化により負に制御される遺伝子としてIFIT2を初めて報告し、その発現低下が大腸がんや大腸腺腫で認められること、発現低下が細胞死抑制と細胞増殖促進に働くことを報告した。

Backbone circularization coupled with optimization of connecting segment in effectively improving the stability of granulocyte-colony stimulating factor

Takamitsu Miyafusa, *Risa Shibuya, Wataru Nishima, Rie Ohara, Chuya Yoshida, and Shinya Honda
ACS Chem. Biol., 2017, 12 (10), 2690–2696  DOI: 10.1021/acschembio.7b00776
(2017/9/12)

博士課程1年 渋谷理紗    生命機能分子工学分野(本田真也研究室)
顆粒球コロニー刺激因子 (G-CSF)の構造安定性向上に向けて、主鎖環状化G-CSFを設計した。作製した環状化G-CSFは熱安定性とプロテアーゼ耐性が向上した。本結果は環状化タンパク質のデザインの有用性を示唆する。

Comparative RNA function analysis reveals high functional similarity between distantly related bacterial 16 S rRNAs.

*Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K.i
Sci Rep. 2017 Aug 30;7(1):9993.   doi: 10.1038/s41598-017-10214-3.
(2017/8/7)

博士課程修了 佃美雪    生命機能分子工学分野(宮崎健太郎研究室)
バクテリア系統分類の最上位である門レベルで相異なる2種のバクテリアの16S rRNAの比較機能解析を行い、配列の違いの大半が機能に大きな影響を及ぼさないことを発見し、16S rRNA遺伝子が中立進化していることを証明した。

Inferring clonal structure in HTLV-1-infected individuals: towards bridging the gap between analysis and visualization

*Amir Farmanbar, Sanaz Firouzi, Wojciech Makalowski, Masako Iwanaga, Kaoru Uchimaru, Atae Utsunomiya, Toshiki Watanabe, and Kenta Nakai
Human Genomics
(2017/7/5)

博士課程2年 Amir Farmanbar    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
成人T細胞白血病のキャリアや患者など20人の47サンプル(すなわち、同一陣の進行度別データを含む)におけるウイルス挿入部位決定によるクローン解析結果を、図的に簡約してわかりやすく表示する方法を提案し、具体的な進行予測への応用を論じた。

Identification of a novel p53 target, COL17A1, that inhibits breast cancer cell migration and invasion.

*Yodsurang V, Tanikawa C, Miyamoto T, Lo PHY, Hirata M, Matsuda K.
Oncotarget Oncotarget. 2017; ;8(34):55790-55803.   doi: 10.18632/oncotarget.18433.
(2017/5/29)

博士課程3年 Yodsurang Varalee    クリニカルシークエンス分野(松田浩一研究室)
乳がん組織、細胞株の網羅的発現データ解析より、がん抑制遺伝子p53によって制御を受ける遺伝子群を同定した。COL17A1は細胞の浸潤を抑制し予後と負の相関をしめす事から、転移抑制因子であることを示された。

The ubiquitin ligase STUB1 regulates stability and activity of RUNX1 and RUNX1-RUNX1T1

*Taishi Yonezawa, Hirotaka Takahashi, Shiori Shikata, *Xiaoxiao Liu, *Moe Tamura, Shuhei Asada, Tsuyoshi Fukushima, Tomofusa Fukuyama, Yosuke Tanaka, Tatsuya Sawasaki, Toshio Kitamura, and Susumu Goyama (2017)
J Biol Chem. 2017 Jul 28;292(30):12528-12541.  doi: 10.1074/jbc.M117.785675.
(2017/5/23)

修士課程2年 米澤大志、修士課程1年 劉瀟瀟、修士課程1年 田村萌    細胞療法分野(合山進研究室)
E3ユビキチンリガーぜSTUB1は、転写因子RUNX1及び白血病融合遺伝子RUNX1-RUNX1T1のユビキチン化及び分解を制御する。

Clonality of HTLV-1-infected T-cells as a risk indicator for development and progression of adult T-cell leukemia.

Sanaz Firouzi, *Amir Farmanbar, Kenta Nakai, Masako Iwanaga, Kaoru Uchimaru, Atae Utsunomiya, Yutaka Suzuki, and Toshiki Watanabe
blood advances,
(2017/5/16)

博士課程2年 Amir Farmanbar    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
成人T細胞白血病のキャリアや患者など20人の47サンプル(すなわち、同一陣の進行度別データを含む)に対して、次世代シークエンサーを用いたウイルス挿入部位決定によるクローン解析を行い、病気の発症や進行度の予測に重要な知見を得た。

Chemical modification of the siRNA seed region suppresses off-target effects by steric hindrance to base-pairing with targets

*Hanna Iribe, Kengo Miyamoto, Tomoko Takahashi, Yoshiaki Kobayashi, Jastina Leo, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei.
ACS Omega 2017, 2, 2055−2064  DOI: 10.1021/acsomega.7b00291
(2017/5/5)

修士課程修了 入部帆那    生物情報科学分野(程久美子研究室)
siRNAのシード領域に化学修飾を導入すると、標的mRNAとの塩基対合の立体障害が誘導され、RNA干渉におけるオフターゲット効果が減弱する。

Conformational and colloidal stabilities of human immunoglobulin G Fc and its cyclized variant: Independent and compensatory participation of domains in aggregation of multi-domain proteins

Seiki Yageta, *Risa Shibuya, Hiroshi Imamura, and Shinya Honda
Mol. Pharmaceutics, 2017, 14 (3), 699–711  DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.6b00983
(2017/2/10)

修士課程2年 渋谷理紗    生命機能分子工学分野(本田真也研究室)
マルチドメイン蛋白質であるヒト由来IgGのFc領域におけるドメイン間相互作用が、酸ストレスに対する構造安定性および凝集のしやすさに与える影響を解析した。ドメインの独立性と相補性が両立してマルチドメイン蛋白質が組織化されていることが明らかになった。

PCR Primer Design for 16S rRNAs for Experimental Horizontal Gene Transfer Test in Escherichia coli.

Miyazaki K, *Sato M, *Tsukuda M.
Front Bioeng Biotechnol. 2017 Feb 28;5:14.   doi: 10.3389/fbioe.2017.00014. eCollection 2017.
(2017/2/9)

博士課程修了 佐藤允治、博士課程修了 佃美雪    生命機能分子工学分野(宮崎健太郎研究室)
16S rRNAの機能評価法として大腸菌内を宿主とした異種間での交換実験を開発したが、既報では16S rRNA遺伝子をPCR増幅する際に意図しない点変異が入ってしまっていた。本論文ではそれを解決するプライマーを開発した。

Differential binding of three major human ADAR isoforms to coding and long non-coding transcripts

Josephine Galipon, *Rintaro Ishii, Yutaka Suzuki, Masaru Tomita, Kumiko Ui-Tei.
Genes 2017, 8(2), 68; doi:10.3390/genes8020068
(2017/2/6)

修士課程修了 石井倫太郎    生物情報科学分野(程久美子研究室)
ヒトの3種のアデノシン脱アミノ化酵素(ADAR)がそれぞれ特異的に相互作用するプロテインコーデイングおよびノンコーデイングRNAをADARを用いたRIP-sequenceによって明らかにした。





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