最新の発表論文

Complete genome sequence of Geobacillus sp. strain E55-1, isolated from Mine geyser in Japan

Miyazaki, K., Hase, E. and *Tokito, N.
Microbiology Resource Announcements
2020.04.24
修士課程1年 時任 夏子 生命機能分子工学分野(宮崎健太郎研究室)
伊豆 峰温泉の堆積物より好熱菌Geobacillus sp.を単離し、次世代シーケンサー解析によりコンプリートゲノム配列を得た。

HiC-Hiker: a probabilistic model to determine contig orientation in chromosome-length scaffolds with Hi-C

*Ryo Nakabayashi, Shinichi Morishita
Bioinformatics
2020.04.27
修士課程2年 中林 亮 大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
DNAの核内折りたたみ構造を観測する Hi-C 法を、ゲノムアセンブリに応用するアプローチが2017年から注目されている。その精度を高めることに成功した論文。隠れマルコフモデルを使った最適化アルゴリズムが功を奏している。

Investigating the mitochondrial genomic landscape of Arabidopsis thaliana by long-read sequencing

**Bansho Masutani, Shin-ichi Arimura, Shinichi Morishita
PLOS Computational Biology
2020.10.30
博士課程1年 舛谷 万象 大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
シロイヌナズナの多様なミトコンドリア配列を、ロングリード・シーケンシングを使って網羅的に解読するアルゴリズムを提示し、その効果を分析した論文。その考え方は、多様なゲノム構造を持つヒトゲノムの配列分析にも応用が可能である。

Rapid and ongoing evolution of repetitive sequence structures in human centromeres

*Yuta Suzuki, Eugene W Myers, Shinichi Morishita
Science advances
2020.12.01
博士課程終了 鈴木 裕太 大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
ヒトゲノムのセントロメア領域の構造変異を分析した論文。36検体から得られた PacBio ロングリードから HOR構造変異を高い精度で分類することに成功。セントロメア内部の構造変異の速度が有意に高いこと、ハプロタイプ別に構造変異が蓄積する様子を明らかにした。

Dual targeting of DDX3 and eIF4A by the translation inhibitor rocaglamide A

*Chen M., Asanuma M., Takahashi M., Shichino Y., Mito M., Fujiwara K., *Saito H., Floor SN., Ingolia NT., Sodeoka M., Dodo K., Ito T., and Iwasaki S.
Cell Chemical Biology
2020.12.08
博士課程3年 陈 明明
修士課程2年 斉藤 大寛  RNAシステム生物学分野(岩崎信太郎研究室)

Complete chemical structures of human mitochondrial tRNAs

Suzuki Ta., Yashiro Y., Kikuchi I., Ishigami Y., *Saito H., Matsuzawa I., Okada S., Mito M., Iwasaki S., Ma D., Zhao X., Asano K., Lin H., Kirino Y., Sakaguchi Y., and Suzuki Ts.
Nature Communications
2020.08.28
修士課程2年 斉藤 大寛  RNAシステム生物学分野(岩崎信太郎研究室)

Genome-wide survey of ribosome collision

*Han P., Shichino Y., Schneider-Poetsch T., Mito M., Hashimoto S., Udagawa T., Kohno K., Yoshida M., Mishima Y., Inada T., and Iwasaki S.
Cell Reports
2020.05.05
博士課程1年 韓 佩恂  RNAシステム生物学分野(岩崎信太郎研究室)

CADM1 promotes malignant features of small-cell lung cancer by recruiting 4.1R to the plasma membrane

Toko Funaki*, Takeshi Ito, Zen-Ichi Tanei, Akiteru Goto, Toshiro Niki, Daisuke Matsubara, Yoshinori Murakami
Biochemical and Biophysical Research Communications
2020.11.30
博士課程3年 舩城桐子 人癌病院遺伝子分野(村上善則研究室)
難治がんである小細胞肺がんの悪性化に、細胞接着分子CADM1およびアクチン結合タンパク質4.1Rの複合体形成が重要であることを示した。

DeepECA: an end-to-end learning framework for protein contact prediction from a multiple sequence alignment

Hiroyuki Fukuda*, Kentaro Tomii
BMC Bioinformatics
(2019/11/4)
博士課程3年 福田 宏幸   分子機能情報学分野(富井健太郎研究室)
類縁配列情報からのタンパク質分子内残基間コンタクト予測について深層学習を利用した新たな手法を提案し、立体構造予測に応用。

Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut

Yoshihiko Suzuki*, Suguru Nishijima*, Yoshikazu Furuta*, Jun Yoshimura, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Shinichi Morishita
Microbiome
(2019/08/16)
博士課程3年 鈴木慶彦
博士課程修了(EMBL博士研究員) 西島傑 
博士課程修了(北海道大学講師) 古田芳一    大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
ヒト腸内細菌叢をロングリードシーケンサにより解析することで新しくプラスミド、ファージを多数発見し、機能解析した研究

Noncoding CGG repeat expansions in neuronal intranuclear inclusion disease, oculopharyngodistal myopathy and an overlapping disease

Hiroyuki Ishiura, Shota Shibata, Jun Yoshimura, Yuta Suzuki*, Wei Qu*, Koichiro Doi, M Asem Almansour, Junko Kanda Kikuchi, Makiko Taira, Jun Mitsui, Yuji Takahashi, Yaeko Ichikawa, Tatsuo Mano, Atsushi Iwata, Yasuo Harigaya, Miho Kawabe Matsukawa, Takashi Matsukawa, Masaki Tanaka, Yuichiro Shirota, Ryo Ohtomo, Hisatomo Kowa, Hidetoshi Date, Aki Mitsue, Hiroyuki Hatsuta, Satoru Morimoto, Shigeo Murayama, Yasushi Shiio, Yuko Saito, Akihiko Mitsutake, Mizuho Kawai, Takuya Sasaki, Yusuke Sugiyama, Masashi Hamada, Gaku Ohtomo, Yasuo Terao, Yoshihiko Nakazato, Akitoshi Takeda, Yoshio Sakiyama, Yumi Umeda-Kameyama, Jun Shinmi, Katsuhisa Ogata, Yutaka Kohno, Shen-Yang Lim, Ai Huey Tan, Jun Shimizu, Jun Goto, Ichizo Nishino, Tatsushi Toda, Shinichi Morishita, Shoji Tsuji
Nature Genetics
(2019/05/29)
博士課程修了 (メディカル情報生命専攻特任助教) 鈴木裕太 
博士課程修了(メディカル情報生命専攻特任准教授) 曲薇     大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
1998年に多細胞生物では初めてDNAが解読された線虫のゲノムに存在した多数の不完全な部分を、ほぼ完全化した論文。

Opposing effects of acute versus chronic inhibition of p53 on decitabine's efficacy in myeloid neoplasms.

*Tamura M, *Yonezawa T, *Liu X, Asada S, Hayashi Y, Fukuyama T, Tanaka Y, Kitamura T, Goyama S.
Scientific Reports. 2019 Jun 3;9(1):8171.
(2019/5/15)
博士課程1年 田村萌
博士課程2年 米澤大志 
博士課程1年 劉瀟瀟     細胞療法分野(合山進研究室)
様々なp53欠失造血器腫瘍細胞を用いて、p53の欠失を誘導する時期がDNAメチル化阻害剤Decitabineの効果を規定していることを明らかにした。

Recompleting the Caenorhabditis elegans genome

Jun Yoshimura, Kazuki Ichikawa*, Massa J Shoura, Karen L Artiles, Idan Gabdank, Lamia Wahba, Cheryl L Smith, Mark L Edgley, Ann E Rougvie, Andrew Z Fire, Shinichi Morishita, Erich M Schwarz
Genome research
(2019/04)
博士課程修了(メディカル情報生命専攻助教) 市川和樹     大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)
1998年に多細胞生物では初めてDNAが解読された線虫のゲノムに存在した多数の不完全な部分を、ほぼ完全化した論文。

INKA2, a novel p53 target that interacts with the serine/threonine kinase PAK4

*Yu‑Yu Liu, Chizu Tanikawa, Koji Ueda, Koichi Matsuda
International journal of oncology
(2019/3/21)
博士課程修了 Yu‑Yu Liu    クリニカルシークエンス分野(松田浩一研究室)

Genome-wide association study (GWAS) of ovarian cancer in Japanese predicted regulatory variants in 22q13. 1

*Varalee Yodsurang, Yaqi Tang, Yukie Takahashi, Chizu Tanikawa, Yoichiro Kamatani, Atsushi Takahashi, Yukihide Momozawa, Nobuo Fuse, Junichi Sugawara, Atsushi Shimizu, Akimune Fukushima, Asahi Hishida, Norihiro Furusyo, Mariko Naito, Kenji Wakai, Taiki Yamaji, Norie Sawada, Motoki Iwasaki, Shoichiro Tsugane, Makoto Hirata, Yoshinori Murakami, Michiaki Kubo, Koichi Matsuda
PloS one 13 (12), e0209096
(2019/3/21)
博士課程修了 Varalee Yodsurang    クリニカルシークエンス分野(松田浩一研究室)

Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance.

*Okada K, Araki M, Sakashita T, Ma B, Kanada R, Yanagitani N, Horiike A, Koike S, Oh-hara T, Watanabe K, Tamai K, Maemondo Mnishio M, Ishikawa T, Okuno Y, Fujita N, Katayama R
EBioMedicine
(201901/08)
博士課程2年 岡田康太郎    がん分子標的治療学分野(藤田直也研究室)
ALK融合遺伝子陽性肺がんにおける次世代ALK阻害薬ロルラチニブに対する薬剤耐性化機構はこれまでに多くが不明であった。今回、in vitroやin vivo、in sillicoにおける試験を複合的に行うことでこの耐性化機構の一端を解明することに成功した。

Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community.

*Satoshi Hiraoka, Yusuke Okazaki, Mizue Anda, Atsushi Toyoda, Shin-ichi Nakano, and Wataru Iwasaki.
Nature Communications
(2018/12/17)
博士課程修了 平岡聡史    生物情報科学分野(岩崎渉研究室)
「メタゲノム」解析と「エピゲノム」解析を組み合わせることで、環境細菌叢の生存や生態に重要な役割を果たすDNAメチル化を直接・網羅的に観測する新たな手法「メタエピゲノム解析」を提唱しました。

Isolation and Characterization of Human Monoclonal Antibodies That Recognize the Influenza A(H1N1)pdm09 Virus Hemagglutinin Receptor-Binding Site and Rarely Yield Escape Mutant Viruses.

*Yasuhara A, Yamayoshi S, Ito M, Kiso M, Yamada S, Kawaoka Y
Frontiers in Microbiology
(2018/11/01)
博士課程3年 安原敦洋    ウイルス感染分野(河岡義裕研究室)

CH2 domain orientation of human immunoglobulin G in solution: Structural comparison of glycosylated and aglycosylated Fc regions using small-angle X-ray scattering

*Seiki Yageta, Hiroshi Imamura, *Risa Shibuya and Shinya Honda
mAbs
(2018/10/31)
博士課程修了 八桁清樹   生命機能分子工学分野(本田真也研究室)
博士課程2年 渋谷理紗   生命機能分子工学分野(本田真也研究室)
糖鎖の有無により溶液中の抗体の分子内配向が変位するか否かという積年の課題に関して、小角X線散乱と多変量解析を用いて平均構造は変わらないことを明らかにした論文。

UPA-seq: prediction of functional lncRNAs using differential sensitivity to UV crosslinking.

Taiwa Komatsu, Saori Yokoi, Koichi Fujii, Mari Mito, *Yusuke Kimura, Shintaro Iwasaki and Shinichi Nakagawa
RNA
(2018/09/12)
博士課程1年 木村 悠介   RNAシステム生物学分野 (岩崎研究室)

PubCaseFinder: A Case-Report-Based, Phenotype-Driven Differential-Diagnosis System for Rare Diseases

*Fujiwara T, Yamamoto Y, Kim JD, Buske O, Takagi T
The American Journal of Human Genetics
(2018/8/1)
博士課程3年 藤原豊史    生物情報科学分野(高木利久研究室)

A framework and an algorithm to detect low-abundance DNA by a handy sequencer and a palm-sized computer

*Bansho Masutani, Shinichi Morishita
Bioinformatics
(2018/7/26)
修士課程1年 舛谷万象    大規模オーミクス解析分野(森下真一研究室)

Mutational Intratumor Heterogeneity is Complex and Early Event in the Development of Adult T-cell Leukemia

*Farmanbar A, Firouzi S, Makałowski W, Kneller R, Iwanaga M, Utsunomiya A, Nakai K, Watanabe T.
Lymphoma/ Neoplasia
(2018/7/6)
博士課程3年 Amir Farmanbar/博士課程修了 Sanaz Firouzi    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)

Host Factor Nucleoporin 93 Is Involved in the Nuclear Export of Influenza Virus RNA

*Furusawa Y, Yamada S, Kawaoka Y
Frontiers in Microbiology
(2018/7/4)
博士課程1年 古澤夢梨    ウイルス感染分野(河岡義裕研究室)

Biomarker discovery by integrated joint non-negative matrix factorization and pathway signature analyses

*Naoya Fujita, Shinji Mizuarai, Katsuhiko Murakami, and Kenta Nakai
Scientific Reports
(2018/6/15)

博士課程3年 藤田直也    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
大規模ながん細胞株パネルの薬剤感受性情報と網羅的オミクス情報を統合解析し、既知の効果予測バイオマーカーの検出に加えてパスウェイ活性度を指標とした新規バイオマーカー候補を見出した。

LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs.

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, *Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei K.
Nucleic Acids Research
(2018/6/7)

修士課程修了 村上文則    生物情報科学分野(程久美子研究室)
RNAウイルスが感染すると、ウイルスセンサータンパク質であるLGP2の発現が誘発され、TRBPと相互作用することで、マイクロRNAを介したゲノムワイドな遺伝子発現制御が起こることを明らかにした。

Base-pairing probability in the microRNA stem region affects the binding and editing specificity of human A-to-I editing enzymes ADAR1-p110 and ADAR2.

*Ishiguro S, Galipon J, *Ishii R, Suzuki Y, Kondo S, Okada-Hatakeyama M, Tomita M, Ui-Tei K.
RNA Biology
(2018/6/4)

修士課程修了 石井倫太郎    生物情報科学分野(程久美子研究室)
ヒトのA-to-I RNA編集酵素であるADAR1-p110とADAR2は、microRNAのステム領域の塩基対合確率に依存して結合し、RNA編集することで遺伝子発現を制御することを明らかにした。

TimeXNet Web: Identifying cellular response networks from diverse comics time-course data

*Phit Ling Tan, Yosvany López, Kenta Nakai, Ashwini Patil.
Bioinformatics
(2018/5/14)
修士課程1年 Phit Ling Tan/ 博士課程修了 Yosvany Lopez    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)

Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments

*Tsukasa Nakamura, Kazunori D Yamada, Kentaro Tomii, Kazutaka Katoh
Bioinformatics
(2018/2/24)

博士課程2年 中村司    分子機能情報学分野(富井健太郎研究室)
多重配列アラインメントプログラムMAFFTのG-INS-1モードと同程度の(高)精度を保ちつつ、並列化による大量配列処理を可能とすることで、MAFFTの機能強化を行った。

Expression of mutant Asxl1 perturbs hematopoiesis and promotes susceptibility to leukemic transformation

*Nagase R, Inoue D, Pastre A, Fujino T, Hou H-A, Yamasaki N, Goyama S, Saika M, Kanai A, Sera Y, *Horikawa S, Ota Y, Asada S, Hayashi Y, Kawabata KC, Takeda R, Tien HF, Honda H, Abdel-Wahab O, Kitamura T.
Journal of Experimental Medicine  doi: 10.1084/jem.20171151
(2018/2/6)

博士課程3年 永瀬玲奈、修士課程修了 堀川小百合    細胞療法分野(合山進研究室)
造血器腫瘍で認められる変異型ASXL1を発現するノックインマウスを作成した。このマウスは加齢に伴い骨髄異形性症候群様の異常をきたし、他の遺伝子異常を加えると早期に白血病を発症した。また、ヒストン修飾に異常があることを明らかにした。

Integrative analysis of gene expression and DNA methylation using unsupervised feature extraction for detecting candidate cancer biomarkers.

*Myungjin Moon and Kenta Nakai
J. Bioinf. Comput. Biol.
(2018/1/29)

博士課程3年 Myungjin Moon    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
本論文では、癌のバイオマーカー発見(進行度で分けた癌細胞のサンプルで特徴的発現を示す遺伝子集合を高感度で検出する試み)において、遺伝子発現量情報にメチル化情報を組み合わせることで、より有効な探索ができたことを報告している。



過去の発表論文へ

専攻紹介

東京大学
東京大学大学院新領域創成科学研究科
最新発表論文
教養学部生へ

このページの先頭へ戻る