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Biomarker discovery by integrated joint non-negative matrix factorization and pathway signature analyses

*Naoya Fujita, Shinji Mizuarai, Katsuhiko Murakami, and Kenta Nakai
Scientific Reports
(2018/6/15)

博士課程3年 藤田直也    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
大規模ながん細胞株パネルの薬剤感受性情報と網羅的オミクス情報を統合解析し、既知の効果予測バイオマーカーの検出に加えてパスウェイ活性度を指標とした新規バイオマーカー候補を見出した。

LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs.

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, *Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei K.
Nucleic Acids Research
(2018/6/7)

修士課程修了 村上文則    生物情報科学分野(程久美子研究室)
RNAウイルスが感染すると、ウイルスセンサータンパク質であるLGP2の発現が誘発され、TRBPと相互作用することで、マイクロRNAを介したゲノムワイドな遺伝子発現制御が起こることを明らかにした。

Base-pairing probability in the microRNA stem region affects the binding and editing specificity of human A-to-I editing enzymes ADAR1-p110 and ADAR2.

*Ishiguro S, Galipon J, *Ishii R, Suzuki Y, Kondo S, Okada-Hatakeyama M, Tomita M, Ui-Tei K.
RNA Biology
(2018/6/4)

修士課程修了 石井倫太郎    生物情報科学分野(程久美子研究室)
ヒトのA-to-I RNA編集酵素であるADAR1-p110とADAR2は、microRNAのステム領域の塩基対合確率に依存して結合し、RNA編集することで遺伝子発現を制御することを明らかにした。

Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments

*Tsukasa Nakamura, Kazunori D Yamada, Kentaro Tomii, Kazutaka Katoh
Bioinformatics
(2018/2/24)

博士課程2年 中村司    分子機能情報学分野(富井健太郎研究室)
多重配列アラインメントプログラムMAFFTのG-INS-1モードと同程度の(高)精度を保ちつつ、並列化による大量配列処理を可能とすることで、MAFFTの機能強化を行った。

Expression of mutant Asxl1 perturbs hematopoiesis and promotes susceptibility to leukemic transformation

*Nagase R, Inoue D, Pastre A, Fujino T, Hou H-A, Yamasaki N, Goyama S, Saika M, Kanai A, Sera Y, *Horikawa S, Ota Y, Asada S, Hayashi Y, Kawabata KC, Takeda R, Tien HF, Honda H, Abdel-Wahab O, Kitamura T.
Journal of Experimental Medicine  doi: 10.1084/jem.20171151
(2018/2/6)

博士課程3年 永瀬玲奈、修士課程修了 堀川小百合    細胞療法分野(合山進研究室)
造血器腫瘍で認められる変異型ASXL1を発現するノックインマウスを作成した。このマウスは加齢に伴い骨髄異形性症候群様の異常をきたし、他の遺伝子異常を加えると早期に白血病を発症した。また、ヒストン修飾に異常があることを明らかにした。

Integrative analysis of gene expression and DNA methylation using unsupervised feature extraction for detecting candidate cancer biomarkers.

*Myungjin Moon and Kenta Nakai
J. Bioinf. Comput. Biol.
(2018/1/29)

博士課程3年 Myungjin Moon    機能解析イン・シリコ分野(中井謙太研究室)
本論文では、癌のバイオマーカー発見(進行度で分けた癌細胞のサンプルで特徴的発現を示す遺伝子集合を高感度で検出する試み)において、遺伝子発現量情報にメチル化情報を組み合わせることで、より有効な探索ができたことを報告している。



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