DSTEP (Data Scientist Training/Education Program)

 近年次世代シーケンサーに代表されるハイスループット機器解析の発達により急速に集積する医療ゲノム関連バイオビッグデータを活用した高度データ解析を必要とする課題に即応できる人材は、アカデミアのみならず、関連産業分野の企業でも不足しており、課題解決能力の備わる高度な人材の発掘・育成や、企業研究者の再教育を促進する仕組みを創出することは喫緊の課題となっています。

 DSTEP (Data Scientist Training/Education Program)は、メディカル情報生命専攻及び先端生命科学専攻の博士学生を対象としたプログラムです。製薬、バイオインフォマティックス、バイオテクノロジー関連企業の協力のもと、学内運営機関として設置された社会連携講座が主体となって、東京大学の教育の独立性を担保しつつも企業ニーズに直結するバイオインフォマティクス上の実践的な問題設定について、その問題解決に即戦力となる人材の育成を目的としています。
 
 博士課程入学後の選抜試験を得て、プログラム受講者が選抜されます。プログラム科目では、学外機関や関連企業人も講師として参加し、人材ネットワーク形成の促進や、最新の企業ニーズを把握する場が提供されます。また専攻連携教員が所属する学外研究組織や、コンソーシアムに参加する関連企業との連携により、実践的なOn the Job Trainingを経験することが期待されます。

   

 

プログラム修了要件

DSTEP-B (生物背景)
必修科目「データサイエンス実践演習Ⅰ~Ⅲ」に加えて「バイオデータプログラミング演習Ⅰ」を必修とし、選択必修科目より4単位(計8単位)履修する。本学の情報系科目をDSTEP選択科目に振替えることができる。
DSTEP-I (情報背景)
必修科目「データサイエンス実践演習Ⅰ~Ⅲ」に加えて「バイオデータプログラミング演習Ⅰ」および「バイオデータプログラミング演習Ⅱ」を必修とし、両専攻が指定する基礎医科学・生物系科目群から2科目を(計7単位)履修する。

科目の内容・特色

1.「バイオ機能情報解析学」:
下記講義を行う。
 1. AIによるゲノム診断活用例
 2. 国際がんゲノムデータ解析
 3. クリニカルシークエンスデータ解析
 4. シングルセル免疫細胞解析
 5. ゲノム統計解析
 6. 数理モデル

2.「創薬データサイエンス概論」:
大規模計測機器の測定原理を理解する。
 1.ゲノム解析
 2.トランスクリプトーム解析
 3.エピゲノム解析
 4.統合解析
 5.新技術1
 6.新技術2
 7.総合討論

3.「バイオデータプログラミング演習I」:
本演習では学生が過去に躓いたポイントを調べ、必要な基礎知識を大量に補った独自のオンラインプログラミング学習教材を作成した。生物学・医科学のプログラミングに必要な概念をゼロから広く浅く学び、研究に必要な高度なプログラミングを将来的に独学できるような「基礎体力」を養う。
*履修上の注意
本演習ではノートパソコン等(Linux/macOSのうち何れか)を持ってくること。
中級者以降の Windows ノートパソコン所持者は Windows Subsystem for Linux、もしくは、VirtualBox 等の仮想環境を用いた Linux 環境を構築してから持参してほしい。

4.「バイオデータプログラミング演習II」:
先駆的に開発され試用が開始されている情報解析ツール群を用い、その利用法について、実データを用いた実践的演習形式で習熟する。
生物学的に解析意義をもった実データに対して、データの抽出と解釈、それぞれの目的に即した考慮条件およびパラメーター等の解析条件を最適化する手法を習得する。
*履修上の注意
バイオデータプログラミング演習I既習相当の情報解析力を前提としているため、第一回の講義で簡単な確認テストを行う。基本的な情報リテラシーを問うものであるので、受講者はこのテストに合格できることが望ましい。テストの内容は、基礎的なlinuxコマンド、簡単なプログラミング(ファイルの開閉、文字列の検索・抜き出しなど; 言語は問わない)等を想定している。受講者はMacまたはWindowsノートPCを持参する必要がある。
第一回の講義でテストおよび計算機環境のアカウント配布を行う予定なので、履修者は第一回の講義を必ず受講するものとする。

5.「創薬データサイエンス演習」:
企業へのインターンシップ、若手研究会への参加、医療機関における医療現場のデータ処理を実地に体験する演習を実施する。
のべ5日間程度にわたり履修学生を派遣し、短期的課題をこなす演習形式で行う。

6.「データサイエンス実践演習Ⅰ〜Ⅲ」:
I〜Ⅲは、履修開始一年次から三年次までの各年度の必修科目として設定され、提案課題の採用のための評価(I)や進捗度合い(II,III)を筆記試験、口頭試問としてそれぞれ合否判定する(Qualifying Examination(QE)として機能する)。

科目等履修制度

 コア科目[1-5]については新領域創成科学研究科の大学院科目等履修制度による学外履修が可能。
 


プログラムアドバイザー制度

 プログラム履修生の学位論文研究指導は、指導教員による直接指導および、各専攻におけるアドバイザー制度などの学位取得支援制度を併用する。また、その他に1名以上のプログラムアドバイザーをプログラム運営委員会が指定する。  


<連絡先>
〒277-8562
千葉県柏市柏の葉5-1-5
東京大学柏キャンパス 生命棟3F 301号室
電話番号 : 04-7136-3711
メール:dstep(atマーク)hgc.jp

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