講義・演習一覧

講義・演習の一覧です。カテゴリー別に整理しています。

講義内容の表は以下の項目で記載されています。
授業科目 形式 学期 単位 曜日 キャンパス
科目の概要
講義場所(キャンパス)の記載例:
※「3地点」は、本郷(弥生:分生研206)、柏(生命棟セミナー室1)、白金台(医科研2号館大講義室)の3点中継。
※「3地点*」は、本郷(浅野:理学部3号館310)、柏(情報生命科学実験棟2F講義室)、お台場(臨海副都心センター別館7階7103)の3点中継。
※「本郷/柏」は、本郷(浅野:理学部3号館310)、柏(情報生命科学実験棟2F講義室)の2点中継
※「柏/白金」は、柏(生命棟セミナー室1)、白金台(医科研2号館大講義室)の2点中継
※講義日時・場所・隔年開催等については変更の可能性があるので、必ず当HPの「在学生の方へ>講義案内」を確認し、受講前にシラバス(UT-mate,ID-Pass必要)とサイボウズ(掲示板)(ID-Pass必要)にて講義資料ダウンロードの有無、休講その他変更の有無を確認すること。

基礎講義

基礎講義Ⅰ:情報生命解析 集中 S1 2 水1,2 3地点*
バイオインフォマティクスで扱われるアルゴリズム、すなわち、計算機を用いて生物学データを解析するための手続きや考え方を幅広く学ぶ。具体的なトピックは、全解探索、グリーディーアルゴリズム、動的計画法、分割統治法、グラフアルゴリズム、組み合わせパタンマッチング、クラスタリングと系統樹解析、隠れマルフコフモデルなどである。ID:47240-01(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

基礎講義Ⅱ:細胞の生化学、遺伝情報発現 集中 S1S2 2 集中 3地点
基礎生物学を医科学や医工学に実践的に応用するうえでの理解が必須となる、細胞の基本的な細胞の生体分子構成要素、ゲノムシステム、遺伝情報の発現に関する基本的な知識を学ぶ。ID:47240-02

基礎講義Ⅲ:細胞から個体に至るゲノム医科学の基礎 集中 S1S2 2 集中 3地点
ゲノム解析の基礎情報をもとに、ヒト個体のさまざまな分子病態を、高次生命現象のシステム維持機構が破綻した表現形として理解するための基礎を解説し、個々の分子機能を多面的に統合して捉えることで高次生命現象を理解する視点を提供する。 ID:47240-03

発展講義

発展講義Ⅰ:システム生物学研究の最先端 集中 S1 1 火3 3地点*
黒田真也、鈴木穣、浅井潔の3名が、生命情報科学の最新の研究動向に基づいた講義を行う。特に、そして無生物学的観点からの研究の考え方について理解することを目指す。ID:47240-04(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅱ:オーミクス解析研究の最先端 集中 S1 1 火5 3地点*
伊藤啓、北尾彰朗、木立尚孝の3名が、さまざまなオーミクス実験とそれにより得られる膨大なデータ解析方法について、最新の動向を概説する。ID:47240-05(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅲ:生体高分子機能の最先端 集中 S1S2 1 集中 3地点
「標的医療の基盤をなす生体分子構造学」 近年、疾患に関わる特定の分子を標的とした治療(分子標的治療)の開発が進められている。その基盤となるのが生体分子の立体構造情報である。生体分子の立体化学の基礎から最先端の構造解析技術、さらに、構造情報を利用したバイオ医薬開発への応用までを紹介する。ID:47240-06【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅳ:細胞高次機能の最先端 集中 S1S2 1 集中 3地点
「細胞から個体に至るゲノム医科学の基礎」 ゲノム解析の基礎情報をもとに、ヒト個体のさまざまな分子病態を、高次生命現象のシステム維持機構が破綻した表現形として理解するための基礎を解説し、個々の分子機能を多面的に統合して捉えることで高次生命現象を理解する視点を提供する。ID:47240-07【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅴ:感染・免疫学の最先端 集中 A1A2W 1 集中 3地点
「感染、免疫学の基礎研究から創薬展開、臨床応用までを学ぶ」 感染、免疫学分野の進歩は著しく、近年、その成果は、新規ワクチン・抗ウイルス薬などの開発や関節リウマチをはじめとした免疫疾患の治療に応用され医学の進歩に著しい貢献をしている。これらの領域における最先端の研究に触れるとともに、その応用展開の方法論や技術開発を具体的に学ぶ。また、感染症、自己免疫疾患をはじめとした疾患標的について学び今後の課題に関して議論する。ID:47240-08【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅵ:モデル動物・再生医療の最先端 集中 A1A2W 1 集中 3地点
「再生医療を目指した発生・分化研究と応用技術の最先端」 再生医療が実現へと近づきつつある。その背景として、様々な組織における幹・前駆細胞の同定や分化過程を制御する分子機構の発見など基礎的な知見の蓄積に加えて、ES細胞、iPS細胞の作製やその応用をはじめとする数多くの技術開発が行われ、現在もさらに発展を続けている。本講義では、iPS細胞など幹細胞からの細胞分化、臓器再生に関する基礎から最先端研究に加えて、細胞分化を制御する分子機構、さらには発生工学的手法の開発とその応用について紹介し、将来的な研究の展開について議論する。ID:47240-09【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅶ:がん研究の最先端 集中 A1A2W 1 集中 3地点
「がんのバイオサイエンスと先端治療」 いまや国民の2人に1人ががんに罹患する時代。本講義では、がんの発生と病態、その根拠となる分子異常を理解しながら、30余年に亘り我が国の死因トップであり続けている本疾病の難治性を考察し、その克服に向けた最先端の治療アプローチに迫る。ID:47240-10【MGSP認定科目M】

発展講義Ⅷ:インフォマティクスと医療の最先端 集中 A1A2W 1 集中 未定
「医学におけるバイオインフォマティクスの応用例について学ぶ」 近年医療分野で網羅的な解析が進むにつれて、取り扱うデータ量も膨大になってきた。医療・医学に関わるメガデータの取り扱いの現状と、これらを医学へどの様に還元するかその取組や問題点ついて紹介する。ID:47240-11【MGSP認定科目M】

基礎演習

基礎演習Ⅱ:研究室実習 集中 通年 1 集中 各ラボ
他の研究領域の現場を体験する!
専攻の研究室が提案する体験プログラムに、学生(1-3名)がゲストとして参加・体験することで、別の研究領域の知識や技術を体得する。 専攻の各研究室がホスト役となって、毎年7月~12月の間で行われる約1週間の研究室実習が企画される。この企画の受講者募集が事前に学生のメーリングリストにより配信されるので、受講希望を出し、受入れ可能人数の範囲内で採択が決まった者がゲストとなり受講ができる。他分野の研究室で実際に手を動かしながら研究方法を学び、その分野における技術と考え方を修得することを目的とする。ID:47243-02【MGSP認定科目M】

基礎演習Ⅲ:研究室指導実習 集中 通年 1 集中 各ラボ
本学教養学部前期課程の「全学体験ゼミナール」および「基礎演習Ⅱ」でのホスト研究室のプログラムの一つの実施を補佐し、教養学部生や、他の研究室の大学院生を指導体験することで指導技術を会得する。ID:47243-03【MGSP認定科目M/D】

基礎演習Ⅳ:研究法紹介 集中 通年 1 集中 3地点
学生ならびに、当専攻の若手研究者達(助教・ポスドク)が、それぞれの専門分野で用いる研究法のノウハウやTIPSを互いに紹介しあい議論し共有します。単位取得のために、修士課程学生は発表会に聴講者として参加しコメントシートを提出します。博士課程学生および若手研究者は発表者として参加し15〜20分程度の方法論の紹介発表を行います(約2日間)。ID:47243-04【MGSP認定科目M/D】

基礎演習Ⅴ:日本語セミナーの聴講(4月入学/10月入学) 企画別 通年 1 企画別
「日本語による最先端研究情報収集の演習」
医学生物学の最新の成果に触れ、分野の動向を理解する。東京大学医科学研究所では、日本および国外からのトップクラスの研究者が、 生命科学・医科学の様々な分野での、自分の先端的な研究成果を、日本語あるいは英語で紹介する「学友会セミナー」が行われている。履修登録者は、年に60回程度のこのセミナーシリーズのうち、自分で興味あるものを選んで10回出席する。年度末に、出席したセミナーのリストおよびそのうちの一つについてのレポートを提出する。学友会セミナーの開催案内は、医科学研究所のホームページおよびメーリングリスト等で研究室に配信される。(注)学融合セミナーとは異なるため注意。ID:4月入学者向けは47243-05S、10月入学者向けは47243-05W

基礎演習Ⅵ:プログラミング実習、情報科学実験 集中 S1 1 水3,4 本郷、柏
本演習ではプログラミングの基礎的な概念を広く浅く学び、将来、生物学の研究や医療統計などでプログラミングが必要になった時に独学で実用的なプログラミングスキルを身につけることができるような「基礎体力」を養う。ID:47243-06【CBSP認定科目】

創薬体験演習:経験に基づく実践的実験プロトコールの紹介 集中 通年 1 集中 企画別
創薬に使われる様々な方法、治験や薬事業務の実際を現場に行って体験する。
1.ハイスループットスクリーニング
2.立体構造科学とインフォマティクススクリーニング
3.治験の実際
など。ID:47243-07【MGSP認定科目M】

情報生命解析特論講義

生物データマイニング特論 集中 A2 1 月3 未定
大量の生命科学データを解析するのに必要な機械学習・統計科学について講義する。データマイニング論ではカバーできなかった理論的な側面についても詳しく述べる。Lectures about machine learning and statistics necessary for analyzing large-scale biological data. I will also talk about theoretical aspects that were not covered in 'Data Mining for Biology'.新設ID:47240-12【CBSP認定科目】

生物情報ソフトウエア特論 集中 S1 1 集中 3地点*
ゲノム解読、個人ゲノム解析、エピゲノム、クロマチン構造、バイオインフォマティクスに関連する最先端の論文について議論する。新設ID:47240-13【CBSP認定科目】

ゲノム機能情報解析学 集中 A2 1 火1 3地点*
本講義では、ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームを対象に、基本的な方法論と戦略を概説するとともに、それらによって得られた代表的成果を紹介する。これらの学習を通して、データ駆動型科学としてのオーミクス、オーミクスにおけるバイオインフォマティクスの重要性、そして生命システムの解明においてオーミクスが果たす役割を理解する。次世代シークエンサーを基盤技術に急速に展開するエピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオトームについて、その方法論を学習し、その応用の実際についての理解を深める。ID:47240-14【CBSP認定科目】

情報生命解析プログラミング演習Ⅰ 集中 A2 1 3地点*
バイオインフォマティクスに必要なアルゴリズムを自分で書くことができるようにプログラミングの演習を行う。論文中に記載される高度なアルゴリズム等を擬似コードを見て自分で実際に実装できるレベルに達することを目標とする。ID:47240-15【CBSP認定科目】

情報生命科学特別講義Ⅰ 集中 通年 2 3地点*
情報生命科学の最先端で活躍する研究者のセミナーを聞くことにより、将来の研究に役立つ実践的な知識を得ることを目指す。ID:47240-16【CBSP認定科目】

情報生命科学特別講義Ⅱ 集中 通年 2 3地点*
情報生命科学の最先端で活躍する研究者セミナーを聞くことにより、将来の研究に役立つ実践的な知識を得ることを目指す。ID:47240-17【CBSP認定科目】

情報生命科学特別講義Ⅲ 集中 通年 2 3地点*
本講義ではバイオインフォマティクスにおける離散的アルゴリズムについて、基礎的な内容を中心にしつつも一部発展的な内容も含めて説明する。また、バイオインフォマティクスに対する課題を対象にしつつも、近似アルゴリズム、乱択アルゴリズム、固定パラメータアルゴリズムなどの現代的なアルゴリズムの方法論についても説明する。本講義を通じて、アルゴリズムの理論解析の基本的な方法論を身に付けるとともに、理論解析を行うことの重要性および楽しさを理解することを目標とする。ID:47240-18【CBSP認定科目】

研究/医療倫理

研究倫理/医療倫理Ⅰ 集中 S1S2 1 集中 3地点
人を対象とする医科学研究者にとっては、研究と医療の両面における倫理の課題について、鋭敏な洞察力と想像力を醸成し、問題の認知と解決に必要な手段を学ぶことが求められている。本講義では、医科学を志す者にとって最低限必要な、研究倫理と医療倫理の基礎的な知識を獲得することを目的とする。なお、本講義の履修は「基礎演習Ⅰ(病院実習)」の受講の条件となる。ID:47240-25【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M/D】

研究倫理/医療倫理Ⅱ 集中 A1A2 1 集中 3地点
人の試料や被験者を要する研究を行う医科学研究者は、研究開始前に被験者保護に関する基礎的なトレーニングを受ける必要がある。この講義では、研究倫理と臨床倫理Ⅰ(47210-29)を学んだ受講者に対して、研究と臨床をつなぐ様々なトピックを学び、意見交換してもらう。受講後には、人を対象とした研究とその医療への応用という文脈において、倫理的課題を議論し、同定し、分析できるようになっていることを目標とする。ID:47240-26

医療トランスレーショナルリサーチ特論講義

医学概論:非医学部出身者のための医学入門 集中 S1S2 1 木、金 3地点
近年の基礎医学の目覚ましい進展により、現代医療は著しい変貌を遂げつつある。本講義においては、非医学部出身の学生を対象にして、医学概論を分かりやすく解説するとともに、実際の症例や看護上の視点も交えながら、最先端と探索型臨床研究について新たな視座を提供する。本講義の履修は「基礎演習Ⅰ(病院実習)」の受講の条件となる。ID:47240-19【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M/D】

基礎演習Ⅰ:病院実習 集中 通年 1 集中 白金台
「非医学部出身者のための現代医療の現場体験実習」
毎年10月-2月までの5グループに分け、月末の月-金5日間に、医科学研究所附属病院において実習を行う。 先端医療に携わる現場の医師、薬剤師、看護師等による様々なセミナーおよび施設見学や病棟回診参加を通じて現代医療の現状と問題点を理解する。 履修者は「医学概論」、「研究倫理/医療倫理Ⅰ」の単位取得者に限られる。また、実習開始時に守秘義務誓約書の提出が求められる。
月 AM:「オリエンテーション」「内科診察法」
  PM:「HIV感染症について」「検査部見学、糖尿病と動脈硬化」
火 AM:「血液グループ回診見学」「輸血部見学」(半数)あるいは「内視鏡見学」(半数)
  PM:「放射線画像検査の原理と実際」「バイオバンク見学」「栄養管理室見学」
水 AM:「感染症グループ回診見学」
  PM:「治療ベクター開発室見学」「手術室・中央材料部見学、麻酔・ME機器・緩和ケア」「内視鏡室見学」
木 AM:「内視鏡見学」(半数)あるいは「血液病棟見学説明」「輸血部見学」(半数)
  PM:「造血幹細胞移植について、臨床細胞工学室見学」「生理機能検査実習」「腹部超音波検査実習」
金 AM:「看護の実際」
  PM:「薬剤実習・薬剤部見学」「実習総括・意見交換(アンケートとレポート記入)」
ID:47243-01【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M/D】

現代創薬概論:創薬の基礎から技術開発、最先端の応用まで解説 7回 通年 1 金4
(金5)
3地点
医療における医薬品の開発は最も重要な課題の一つである。これまでの薬剤開発の戦略は、近年の分子生物学の発展と共に大きく変貌してきている。がん等の疾患を中心に、これまでの創薬方法がどのように変化しているのか、さらには最近の新薬開発の基本的な概念と創薬の実際を紹介すると共に、その課題を明らかにする(①臨床試験と新薬承認のプロセス、②がん分子標的治療薬への耐性とその克服、③腫瘍微小環境を標的とした創薬、④がん分子標的創薬の新潮流、⑤シーズ探索と大規模スクリーニング、⑥創薬と知財、⑦立体構造科学と創薬)。 ID:47240-20【MGSP認定科目M】

橋渡し研究概論:橋渡し研究に必要なレギュレーション等の基礎知識 集中 通年 1 3地点
先端研究を基にした、あるいは従来の手法とは異なるアプローチに基づく医療開発推進は急務となっている。このような医療開発を担うためには研究に精通しているだけではなく、新たな治療法を人で試みる臨床試験の知識及び臨床試験を実施するための法や規則等の知識も必要である。本講義では最新の知見を交え必要とされる知識を学ぶ。ID:47240-21【MGSP認定科目M】

知財・ガバナンス

バイオ知財法概論Ⅰ:特許に関する基礎知識の習得 7回 S1S2 1 水6 3地点
バイオ特許入門編。バイオ分野は知的財産保護の重要性が極めて大きいが、知的財産の取得及び活用を行う上では基礎的な法律上の知識及びその運用に関する知識が前提となる。本科目においては知的財産法のうちバイオテクノロジーに関連するものとして、技術を保護する特許法とブランド等を保護する商標法についての基礎的知識を身につけることを目的とする。隔年で開講キャンパスを変更するが要請があれば遠隔講義も白金・柏間で設定する。ID:47240-22【MGSP認定科目M/D】

バイオ知財法概論Ⅱ:知財分野のキャリアパスデザインと応用知識 7回 A1A2 1 水6 3地点
知財分野におけるキャリアパスデザインの事例を実際に第一線で活躍している専門家から話を聴くと同時に、バイオ知財法概論Iで習得した基礎的な知識を前提として知的財産の取得及び活用をより円滑に行うために重要と考えられる、発展的な知識を修得することを目的とする。ID:47240-23

バイオ企業戦略論:フレームワーク思考とビジネス分析 7回 S1S2 1 金6 3地点
ビジネスを分析する基礎的訓練を積むため、ビジネスモデル分析の基本形としての「ドメイン」、「モジュール/インテグラル、オープン/クローズ」といったフレームワーク思考のトレーニングから始めて、製品、事業、企業、産業といった様々なレベルでの分析事例を紹介する。さらに、バイオベンチャーを設立するために必要なコアスキルのデザイン、資金調達に関する知識、企業分析の方法等を学習すると共に、バイオベンチャービジネスの具体事例についても研究する。演習では講義参加者はケーススタディを発表し、ビジネス分析におけるフレームワーク思考を養う。ID:47240-24

バイオ知財実務演習Ⅰ:研究者のためのバイオ特許出願演習 集中 S1S2 2 金2,3,4,5 3地点
知的財産(発明及び商標)が生まれてから、出願し権利化されるまでの一連の手続を学習し、その間に必要な手続における書類等の作成方法について具体的に習得することを目的とする。 この演習では、バイオ分野の技術を具体例とし、発明の抽出、先行技術調査、クレーム・明細書の作成、国内および国際出願の方法等の手続全般に亘る実務を一通り学習し、出願から権利化までの概観を理解する。ID:47243-08【MGSP認定科目M】

バイオ知財実務演習Ⅱ:ライフサイエンスと社会の接点を探る演習 集中 A1A2 2 集中2日と金6 柏/白金
研究成果を社会に展開するために必要となる知識を、①企業の研究開発活動に関するイメージの情勢、②自らが関心のあるテーマと社会的な課題との関連性の俯瞰的な把握、③自ら主導的に社会的な課題を解決していく手段としての起業知識、の3つの側面からアプローチする講義と演習。ID:47243-09【MGSP認定科目M】

リサーチ・アドミニストレーション概論Ⅰ 集中 A1A2W 1 集中 3地点他
本講義では、学術界の住民として、また社会の中で活動する責任ある科学者として、日常の研究活動を支える政策基盤、社会との接点で生じる諸問題に関連するルールについての一般知識を学ぶ。本講義では、学術界の住民として、また社会の中で活動する責任ある科学者として踏まえるべき知識、現在のプロジェクトや研究室の運営や管理(ガバナンス)、共通して求められる各種規制(コンプライアンス)について学ぶ。ID:47240-27【MGSP認定科目M/D】

リサーチ・アドミニストレーション概論Ⅱ 集中 A1A2W 1 集中 3地点他
本講義では、アドミニストレーションの一環としての科学コミュニケーション、研究プロジェクトの運営について学ぶ。さらに、科学研究と経済成長戦略の結びつきによる影響について議論し、最終回では有識者を招いたシンポジウムの形式の講義とする。ID:47240-28

理学部生命情報学科・合併科目

生物情報学基礎論Ⅰ 14回 A1A2W 2 月2 駒場
最初に生物情報学とはどんな学問か、その意義、歴史、動向、について述べるとともに、それが今後どういうことに役立つのか紹介する。続いて、生物情報学の基本であるゲノム配列解析を例に、生物情報学を理解する上で欠かせない情報科学の基礎知識、具体的には、アルゴリズム、データ構造、確率的手法などについて説明する。最後に、これらの基礎知識がどのように応用されていくのか、巨大な生命情報の解析法や進化現象の解析法などについても述べる。ID:47240-29【CBSP認定科目】

生物情報学基礎論Ⅱ 12回 A1A2W 2 月5 駒場
生物情報科学における生命科学の基礎について講義する。 生化学・分子生物学・オーミクス・システム生物学、およびそれらの医科学研究との関連性についての概論。ID:47240-30【CBSP認定科目】

ゲノム生物学 8回 S1 1 金1 柏/本郷
生物の構造と機能はゲノムによって規定されている。ゲノムとは世代を超えて引き継がれていく、生物の持つ遺伝情報の本体である。したがって、その基本構造を知ることは多様な生命現象を理解するための基礎となり、不可欠である。本講義では、まず遺伝情報の総体としてのゲノム構造の一般的特性から始まり、遺伝情報の複製・発現などについて学ぶ。最近注目されているノンコーディングRNAについても概説する。さらに、ゲノム生物学における生物情報科学の発展においては、それらのゲノム情報をどのように解析し応用するかという点が重要である。そこで、このような視点から、ゲノム情報解析の意義と方法、今後の展開、さらには付随する問題点についての理解を深める内容を学ぶ。ID:47240-31【CBSP認定科目】

オーミクス論 集中 A1 1 水2 3地点*
オーミクスは、網羅的解析を基軸とするアプローチによって、従来にない角度から生命を理解しようとする新しい学問分野である。本講義では、ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームを対象に、基本的な方法論と戦略を概説するとともに、それらによって得られた代表的成果を紹介する。これらの学習を通して、データ駆動型科学としてのオーミクス、オーミクスにおけるバイオインフォマティクスの重要性、そして生命システムの解明においてオーミクスが果たす役割を理解する。ID:47240-32(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物情報ソフトウエア論Ⅰ 集中 S1 1 木2 3地点*
生命科学のデータ(ゲノム、RNA、蛋白質等)は著しい速度で蓄積され、現在1日あたり約1000億塩基対を解読できる超高速DNA解読装置が利用されている。このような大規模なデータの解析から、・パーソナルヒトゲノムの多様性と疾患の関係、・DNAのクロマチン構造、・DNA修飾と遺伝子発現と機能の関係、等について数多くの知見が得られつつあり、生命科学はデータ駆動型のサイエンスになりつつある。生命科学データの分析で使われるソフトウエアの中核は高速アルゴリズムにある。本講義はこれらの基本アルゴリズムが、どのような着想から設計されているかを解説する。そして将来自分でも設計できる力を身につけることを目標とする。ID:47240-33(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物情報ソフトウエア論Ⅱ 集中 S2 1 木2 3地点*
超高速DNA解読装置が普及した結果、個人のゲノム(パーソナルゲノム)内における塩基変化、配列の挿入削除、大規模な構造的変化を、現在では数日程度で観測できるようになった。そのため、DNA配列の変化と病気の相関関係・因果関係を明らかにしようとする「ゲノム医学」とよばれる研究分野が進展している。本講義の前半では、人類遺伝学の基礎からはじまり、パーソナルゲノム解析のための統計学的手法と高速化アルゴリズムを紹介する。また超高速DNA解読装置の普及は、DNAメチル化等のDNA修飾、ヒストン修飾、遺伝子制御領域の折り畳み構造、遺伝子間の接触情報、DNA全体の折り畳み構造を、DNA全域で一度に観測することを可能にした。この結果、多様な組織で遺伝子が転写される仕組みを詳細に検討できるようになってきており、膨大なデータを高速に分析する効率的アルゴリズムが並行して育まれている。本講義の後半ではこれらの手法についても解説する。ID:47240-34(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

システム生物学 集中 S2 1 金1 3地点*
細胞の増殖や分化、発生、神経活動、魚の縞模様などのパターン形成などのさまざまな生命現象の特徴を、個々の分子や遺伝子が集まって機能する分子ネットワークの「システム」の振る舞いとして理解する。簡単な分子ネットワーク」の組み合わせでできる微分回路や積分回路、振動子、メモリ、時間・空間パターン形成などの振る舞いを、具体的な生命現象に照らし合わせながら講義する。ID:47240-35(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

ゲノム配列解析論Ⅰ 集中 S1 1 月2 3地点*
生物配列の情報解析法、特に配列アライメントとその背景となる理論・アルゴリズムを習得する。ID:47240-36(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

ゲノム配列解析論Ⅱ 集中 S2 1 月2 3地点*
生物配列の情報解析法、特に確率モデルの理論・アルゴリズム・応用を習得する。ID:47240-37(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物データマイニング論 集中 A1 1 月3 3地点*
大規模な生命科学データから知識を抽出するためのさまざまな方法を講義する。
1) クラスタリングと次元削減:階層的クラスタリング、k-means 法、PCA、確率モデルによる解釈
2) クラス分類:発現量、表現型からの遺伝子機能予測、決定木、feature selection、k-nearest neighbor、SVM
3) データマイニング:生物学における構造データ(RNA, 化合物) アイテムセットマイニング グラフマイニング ID:47240-38【CBSP認定科目】

生物情報科学特別講義Ⅰ 集中 S1 1 月3,4,5 3地点*
タンパク質の立体構造や機能解明のために行われる、バイオインフォマティクス・シミュレーションによるアプローチについて、講義を行う。タンパク質構造に対して、どのようなインフォマティクス解析が行われているか、その概要を解説する(清水)。アミノ酸配列情報をもとにタンパク質構造予測を計算機で行う方法の考え方、具体的な方法、展望と課題を概説する(中村)。更に。タンパク質の分子レベルでの振る舞いをシミュレーションしりためのモデル化・シミュレーション法・それによって得られる情報について概説する(北尾)。ID:47240-39(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物情報科学特別講義Ⅱ 集中 S2 1 月3,4,5 3地点*
生物の機能を理解するためには、その体を構成するさまざまな細胞や、細胞を構成するさまざまな要素の分布や形・動態を、蛍光物質などを利用して可視化し、解析することが欠かせない。本講義では、実際の研究現場でこのような解析がどのような問題意識から、どのような手法で実施されているかを、肌で理解してもらうことを目標にする。ID:47240-40(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物情報科学特別講義Ⅲ 集中 通年 1 集中 3地点*
ゲノム科学データを生み出す様々な網羅的計測の方法論や計測装置について、基本原理を理解するとともに最新の動向を認識し、それらによって可能になる生命システム理解への新しいアプローチを考察する。 ID:47240-41(本郷、柏、お台場の3点中継)【CBSP認定科目】

生物情報科学特別講義Ⅳ 集中 通年 1 集中 3地点*
代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を紹介します。ネットワーク解析の基礎について解説します。集中講義形式で以下の項目を紹介します。
スケールフリーネットワークの定義と特徴量、スモールワールドの定義と特徴量、ランダムウォーク、拡散係数、マルコフ連鎖、パーコレーション、コンタクトプロセス、出生死亡過程。 ID:47240-42【CBSP認定科目】

生物統計論 8回 A1 1 金2 3地点*
DNA配列,RNA配列,アミノ酸配列、次世代シークエンサーデータなど、生命データを解析する際に頻繁に使われる統計的手法について解説する。ID:47240-43【CBSP認定科目】

生物情報実験法 13回 S1S2 1 月3,4 本郷
バイオインフォマティクスでを含むプログラミング一般に必要な基礎知識を身につける。C++とJavaにおけるプログラムの書き方、デバック法にはじまり並列プログラミングの基礎までを演習形式で学ぶ。毎週課題をこなすことで、プログラミング能力の向上を目指す。
第一部:プログラミングの基礎:基本的なプログラムの書き方、ライブラリの使い方を学習し、教科書に載っている擬似コードから自分でC++またはJavaに書き換えられる能力を身につける。
(C++の基礎とSTL, 文字列処理とデバッグ, Javaの基本1, Javaの基本2, 画像処理入門)
第二部:プログラム開発の基礎:本格的なプログラミング開発に必要なハードウェアの基礎知識、開発環境、デバッグの仕方を学ぶ。
(計算機の仕組/マシン語/メモリー階層, OSとシステムコール/ウェブサービス, プログラムの設計技法, ハッシュ関数 (open/close), 動的計画法 (DP) の基礎)
第三部:並列計算の初歩:並列計算の意義と実装法を学ぶ。
(スレッド/GUI/イベント処理, 進化解析入門, 本格的な並列計算)
ID:47240-44【CBSP認定科目】

理論生物学(細胞システムの数理:非線形現象からロバスト性まで) 7回 S1 1 火4 3地点*
 システム生物学や神経科学に代表されるように、複雑な生命システムの動態を解析・理解するために数理が果たす重要性は、近年大きく高まっている。本授業では、細胞を単位とした生体システムを扱う数理的な手法や関連するトピックを概説する。
 まず細胞システムの数理モデルの理解と解析に不可欠な反応速度論の導入を行う。
 次にそれを応用した生体機能の解析例について、実験的背景と数理的なモデルを合わせて講義する。モデルは決定論的なモデルに限定し、数理の技術的側面よりは、いかに生体機能の理解に数理モデルが活用できるのかに重点を置く。対象とする細胞機能としては、細胞の運命決定、分子認識、細胞の記憶、環境シグナル感知、内因的変動へのロバストネスなどの問題を扱う。具体的な実験的知見は主に単細胞生物の知見を紹介するが、関連する多細胞生物の現象についても言及する予定である。 ID:47240-45【CBSP認定科目】

生命情報科学Ⅰ 7回 A2 1 金2 本郷
生物情報科学の視点や手法を用いて生命の進化、生態、表現型を解析していく上で必要な知識について幅広く講義する。具体的なトピックは、分子進化、分子系統地理、微生物の生態と進化、生物画像解析などである。分子進化、分子系統地理、微生物の生態と進化、生物画像解析の各内容について、1-2回ずつ講義を行う。ID:47240-46【CBSP認定科目】

国際化演習

国際化演習Ⅰ:Poster Presentation by Dr. Miller 7回 S1S2 1 月5 白金台
Miller先生のポスター発表演習: How to conceive, design and present a successful scientific poster. Tutorial style small meetings. ID:47243-10【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

国際化演習Ⅱ:Power Point Presentation by Dr. Miller 7回 A1A2W 1 月5 白金台
Miller先生のパワーポイントを使用した発表演習: How to conceive, design and present a successful scientific Power Point. Tutorial style small meetings. ID:47243-11【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

国際化演習Ⅲ:Writing a successful scientific paper by Dr. Miller 7回 A1A2W 1 月5 白金台
Miller先生の効果的な英語論文の書き方: How to conceive and write a publishable scientific paper: the basics. Tutorial style small meetings using published papers and other information. ID:47243-12【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

国際化演習Ⅳ:英語セミナーの聴講 オムニバス 通年 1 企画別 企画別
英語による最先端研究情報収集の演習: 新領域、医科学研究所で開催されるサイエンスセミナー(医科学研究所 学友会セミナー新領域創成科学研究科 学融合セミナー、メディカルゲノムサイエンスプログラム セミナー)のうち英語で行われるものを対象とする。海外から招かれた研究者による英語で行われる先端的セミナーを聴講し、現代のbiomedical researchの先端を知るとともに、英語によるコミュニケーションの経験をすることを目標とする。7-8回の聴講リスト及びそのうちの1つについてのレポートを提出する。ID:47243-13【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

国際化演習Ⅴ:ENS Lyon交換留学 3ヶ月 A1A2 3 - Lyon
「 ENS de Lyon との交換留学(専攻の博士課程に進学予定のM2対象)」 別途、説明会を開催し、メールにより公募案内をする。ENS de Lyon のプロポーザルに応募して採用されると3-4ヶ月のラボローテーションに参加する。 渡航費・滞在費は専攻によりサポートされる。ID:47243-14【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

研究室指導

メディカル情報生命特別研究Ⅰ:修士課程(2年間) 2年間 通年 12 - 各ラボ
専攻教員および指導教員の指導のもと、メディカルゲノムサイエンスの基礎となる研究を遂行し修士論文を作成する。ID:47244-01

メディカル情報生命特別演習Ⅰ:修士課程(2年間) 2年間 通年 4 - 各ラボ
各研究室での研究論文紹介セミナー等に参加し、論文作成やその評価の仕方、および発表についての技法を学ぶ。ID:47243-15

博士必修演習Ⅰ:英語ポスター発表演習 D1 通年 1 - 各ラボ
博士課程1年次にアドバイザーによる研究目標、進捗状況や英語プレゼンテーションなどについての評価指導を受ける。 ID:4月入学者は47243-16S、10月入学者は47243-16W

博士必修演習Ⅱ:英語オーラル発表演習 D2 通年 1 - 各ラボ
博士課程2年次にアドバイザーによる研究目標、進捗状況や英語プレゼンテーションなどについての評価指導を受ける。 ID:4月入学者は47243-17S、10月入学者は47243-17W

メディカル情報生命特別研究Ⅱ:博士課程(3年間) 3年間 通年 10 - 各ラボ
専攻教員および指導教員の指導のもと、メディカルゲノムサイエンスの基礎となる研究を遂行し博士論文を作成する。ID:47244-02

メディカル情報生命特別演習Ⅱ:博士課程(3年間) 3年間 通年 8 - 各ラボ
各研究室での研究論文紹介セミナー等に参加し、論文作成やその評価の仕方、および発表についての技法を学ぶ。ID:47244-02

その他の研究科の講義

新領域創成科学特別講義Ⅹ(科学・技術英語S) 7回 S1S2 1 水木金の4 柏図書館
TECHNICAL WRITING AND PRESENTATION
This course is designed to provide students with a review of
1. the basic elements of good “technical writing” such as the typical IMRAD structure, logic, how logic and sentence patterns work together to make a convincing statement, and typical errors concerning English and mechanics (punctuation, capitalization, format, etc.); and

2. the basic elements of good “technical presentations” such as PowerPoint slide design and simple animation, color use, posture, voice, gestures, and other aspects of delivering a presentation in front of a small group.

The course also provides opportunities to make a presentation in front of a group for about 10 minutes and to be able to field questions after that (see details below).
The course itself is more structured towards oral presentation skills and the logical structure of presenting scientific material rather than the fine elements of technical writing itself.
★Register through the KIO website:
http://kashiwaio.dir.u-tokyo.ac.jp/english/language/englishlecture.html ID:47000-34【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

新領域創成科学特別講義ⅩI(科学・技術英語S) 7回 A1A2W 1 水木金の4 柏図書館
TECHNICAL WRITING AND PRESENTATION
This course is designed to provide students with a review of
1. the basic elements of good “technical writing” such as the typical IMRAD structure, logic, how logic and sentence patterns work together to make a convincing statement, and typical errors concerning English and mechanics (punctuation, capitalization, format, etc.); and

2. the basic elements of good “technical presentations” such as PowerPoint slide design and simple animation, color use, posture, voice, gestures, and other aspects of delivering a presentation in front of a small group.

★Register through the KIO website:
http://kashiwaio.dir.u-tokyo.ac.jp/english/language/englishlecture.html ID:47000-35【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

新領域創成科学海外演習Ⅰ〜Ⅳ 通年 - - 海外
「新領域創成科学海外演習Ⅰ」、「新領域創成科学海外演習Ⅱ」、「新領域創成科学海外演習Ⅲ」、「新領域創成科学海外演習Ⅳ」については、本研究科の修士課程及び博士後期課程の学生が履修する場合、10単位を限度として所属する専攻の修了単位とすることができる。本研究科の修士課程及び博士後期課程の学生が外国の大学の大学院において修得した単位又は外国の大学、研究所、企業等で行ったインターンシップの成果をもって、各専攻の判断において「新領域創成科学海外演習Ⅰ」、「新領域創成科学海外演習Ⅱ」、「新領域創成科学海外演習Ⅲ」、「新領域創成科学海外演習Ⅳ」のいずれか又は複数を修得したものとすることができる。ID:47000-21, 22, 23, 24【CBSP認定科目】【MGSP認定科目M】

カリキュラム

東京大学
東京大学大学院新領域創成科学研究科
最新発表論文
教養学部生へ

このページの先頭へ戻る