メディカル情報生命専攻はメディカルゲノム専攻と情報生命科学専攻が合併して、2015年4月に発足しました。
*Yuki Shimizu, *Koutaroh Okada, Jun Adachi, Yuichi Abe, Ryohei Narumi, Ken Uchibori, Noriko Yanagitani, Sumie Koike, Satoshi Takagi, Makoto Nishio, Naoya Fujita, Ryohei Katayama
npj Precision Oncology
2021. 02. 01.
博士課程3年：清水 裕貴（がん分子標的治療学分野）
博士課程修了：岡田 康太郎（がん分子標的治療学分野）
Nakano, K., Yokoyama, K.,*, Shin, S.*, Uchida, K.*, Tsuji, K.*, Tanak, M.*, Uchimaru, K., and Watanabe, T.
Viruses 2022, 14(2), 407.
2022. 02. 08.
修士課程修了：横山 弘一、慎 修一、内田 弘毅、辻 和樹、田中 稀瑛（病態医療科学分野）
Exploring New Functional Aspects of HTLV-1 RNA-Binding Protein Rex: How Does Rex Control Viral Replication?
Nakano, K., Karasawa, N.*, Hashizume, M.*,Tanaka, Y., Ohsugi, T., Uchimaru, K., and Watanabe, T.
Viruses 2022, 14(2), 344
2022. 02. 03.
修士課程修了：唐沢 伸明、橋爪 大明 （病態医療科学分野）
Dechaud, C., Miyake, S.*, Martinez-Bengochea, A., Schartl, M., Volff, J., and Naville, M.
Genome Biology and Evolution
2021.10.08
修士課程修了 三宅 祥（大規模バイオ情報解析分野）
This study, during an IARI internship in Lyon, found evidence that mobile DNA elements are involved with the expression of nearby sex-biased genes in fish.
Shibuya, R.*, Miyafusa, T., Imamura H., Ooishi, A., and Honda, S.
International Journal of Pharmaceutics
2021.06.02
博士課程修了 渋谷 理紗 生命機能分子工学分野（本田真也研究室）
がん化学療法などに伴う好中球減少症の治療に利用されるヒトC-GSFの主鎖環状化変異体は、構造安定性の向上に加え、unfold状態のコンパクト化によるコロイド安定性の向上により、相乗的に凝集化耐性（保存安定性）が既存薬に比べて飛躍的に優れることを明らかにした。
Kazumi Nakano*, Yohei Chihara*, Seiichiro Kobayashi, Masako Iwanaga, Atae Utsunomiya, Toshiki Watanabe,Kaoru Uchimaru
Scientific Reports
2021.02.18
修士課程修了 千原 庸平、准教授 中野 和民 病態医療科学分野（内丸薫研究室）
エクソン4を欠損したWNT5A mRNAのスプライシング・バリアントが、成人T細胞白血病・リンパ腫(ATLL)患者由来の腫瘍化T細胞で過剰発現していることを見出し、このバリアントがコードするC末端欠損Wnt5a変異体の機能解析を行った。その結果、本変異体は野生型Wnt5aとは異なる経路で細胞外に分泌され、細胞の運動・浸潤能を亢進させることが分かり、ATL細胞の悪性形質獲得の一端を担っている可能性を示した。
Chen M.*, Asanuma M., Takahashi M., Shichino Y., Mito M., Fujiwara K., *Saito H., Floor SN., Ingolia NT., Sodeoka M., Dodo K., Ito T., and Iwasaki S.
Cell Chemical Biology
2020.12.08
博士課程３年 陈 明明
修士課程２年 斉藤 大寛 RNAシステム生物学分野（岩崎信太郎研究室）
Yuta Suzuki*, Eugene W Myers, Shinichi Morishita
Science advances
2020.12.01
博士課程終了 鈴木 裕太 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
ヒトゲノムのセントロメア領域の構造変異を分析した論文。36検体から得られた PacBio ロングリードから HOR構造変異を高い精度で分類することに成功。セントロメア内部の構造変異の速度が有意に高いこと、ハプロタイプ別に構造変異が蓄積する様子を明らかにした。
Toko Funaki*, Takeshi Ito, Zen-Ichi Tanei, Akiteru Goto, Toshiro Niki, Daisuke Matsubara, Yoshinori Murakami
Biochemical and Biophysical Research Communications
2020.11.30
博士課程3年 舩城 桐子 人癌病院遺伝子分野（村上善則研究室）
難治がんである小細胞肺がんの悪性化に、細胞接着分子CADM1およびアクチン結合タンパク質4.1Rの複合体形成が重要であることを示した。
Bansho Masutani*, Shin-ichi Arimura, Shinichi Morishita
PLOS Computational Biology
2020.10.30
博士課程1年 舛谷 万象 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
シロイヌナズナの多様なミトコンドリア配列を、ロングリード・シーケンシングを使って網羅的に解読するアルゴリズムを提示し、その効果を分析した論文。その考え方は、多様なゲノム構造を持つヒトゲノムの配列分析にも応用が可能である。
Suzuki Ta., Yashiro Y., Kikuchi I., Ishigami Y.,Saito H., Matsuzawa I., Okada S., Mito M., Iwasaki S., Ma D., Zhao X., Asano K., Lin H., Kirino Y., Sakaguchi Y., and Suzuki Ts.
Nature Communications
2020.08.28
修士課程1年 斉藤 大寛 RNAシステム生物学分野（岩崎信太郎研究室）
Han P.*, Shichino Y., Schneider-Poetsch T., Mito M., Hashimoto S., Udagawa T., Kohno K., Yoshida M., Mishima Y., Inada T., and Iwasaki S.
Cell Reports
2020.05.05
博士課程1年 韓 佩恂 RNAシステム生物学分野（岩崎信太郎研究室）
*Ryo Nakabayashi, Shinichi Morishita
Bioinformatics
2020.04.27
修士課程2年 中林 亮 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
DNAの核内折りたたみ構造を観測する Hi-C 法を、ゲノムアセンブリに応用するアプローチが2017年から注目されている。その精度を高めることに成功した論文。隠れマルコフモデルを使った最適化アルゴリズムが功を奏している。
Hiroyuki Fukuda*, Kentaro Tomii
BMC Bioinformatics
2019.11.4
博士課程3年 福田 宏幸
分子機能情報学分野（富井健太郎研究室）
類縁配列情報からのタンパク質分子内残基間コンタクト予測について深層学習を利用した新たな手法を提案し、立体構造予測に応用。
Shibuya, R.*, Miyafusa, and T., Honda, S.
FEBS Journal
2019.10.12
博士課程3年 渋谷 理紗
生命機能分子工学分野（本田真也研究室）
がん化学療法などに伴う好中球減少症の治療に利用されるヒトC-GSFの主鎖環状化変異体は、unfold状態の構造制約によるエントロピー利得とfold状態の水素結合増加によるエンタルピー利得の二つの効果により、既存薬に比べて構造安定性が大きく向上することを明らかにした。
Kazumi Nakano*, Masako Iwanaga, Atae Utsunomiya, Kaoru Uchimaru, Toshiki Watanabe
Molecular Cancer Research
2019.10.08
准教授 中野 和民 病態医療科学分野 （内丸薫研究室）
Yoshihiko Suzuki*, Suguru Nishijima*, Yoshikazu Furuta*, Jun Yoshimura, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Shinichi Morishita
Microbiome
2019.08.16
博士課程3年 鈴木 慶彦
博士課程修了（EMBL博士研究員） 西島 傑
博士課程修了（北海道大学講師） 古田 芳一 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
ヒト腸内細菌叢をロングリードシーケンサにより解析することで新しくプラスミド、ファージを多数発見し、機能解析した研究
Hiroyuki Ishiura, Shota Shibata, Jun Yoshimura, Yuta Suzuki*, Wei Qu*, Koichiro Doi, M Asem Almansour, Junko Kanda Kikuchi, Makiko Taira, Jun Mitsui, Yuji Takahashi, Yaeko Ichikawa, Tatsuo Mano, Atsushi Iwata, Yasuo Harigaya, Miho Kawabe Matsukawa, Takashi Matsukawa, Masaki Tanaka, Yuichiro Shirota, Ryo Ohtomo, Hisatomo Kowa, Hidetoshi Date, Aki Mitsue, Hiroyuki Hatsuta, Satoru Morimoto, Shigeo Murayama, Yasushi Shiio, Yuko Saito, Akihiko Mitsutake, Mizuho Kawai, Takuya Sasaki, Yusuke Sugiyama, Masashi Hamada, Gaku Ohtomo, Yasuo Terao, Yoshihiko Nakazato, Akitoshi Takeda, Yoshio Sakiyama, Yumi Umeda-Kameyama, Jun Shinmi, Katsuhisa Ogata, Yutaka Kohno, Shen-Yang Lim, Ai Huey Tan, Jun Shimizu, Jun Goto, Ichizo Nishino, Tatsushi Toda, Shinichi Morishita, Shoji Tsuji
Nature Genetics
2019.05.29
博士課程修了 (メディカル情報生命専攻特任助教) 鈴木 裕太
博士課程修了（メディカル情報生命専攻特任准教授） 曲 薇 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
1998年に多細胞生物では初めてDNAが解読された線虫のゲノムに存在した多数の不完全な部分を、ほぼ完全化した論文。
Jun Yoshimura, Kazuki Ichikawa*, Massa J Shoura, Karen L Artiles, Idan Gabdank, Lamia Wahba, Cheryl L Smith, Mark L Edgley, Ann E Rougvie, Andrew Z Fire, Shinichi Morishita, Erich M Schwarz
Genome research
2019.05.23
博士課程修了（メディカル情報生命専攻助教） 市川 和樹 大規模オーミクス解析分野（森下真一研究室）
1998年に多細胞生物では初めてDNAが解読された線虫のゲノムに存在した多数の不完全な部分を、ほぼ完全化した論文。
*Tamura M, *Yonezawa T, *Liu X, Asada S, Hayashi Y, Fukuyama T, Tanaka Y, Kitamura T, Goyama S.
Scientific Reports. 2019 Jun 3;9(1):8171.
2019.05.15
博士課程1年 田村 萌
博士課程2年 米澤 大志
博士課程1年 劉 瀟瀟 細胞療法分野（合山進研究室）
様々なp53欠失造血器腫瘍細胞を用いて、p53の欠失を誘導する時期がDNAメチル化阻害剤Decitabineの効果を規定していることを明らかにした。
*Yu‑Yu Liu, Chizu Tanikawa, Koji Ueda, Koichi Matsuda
International journal of oncology
2019.03.21
博士課程修了 Yu‑Yu Liu クリニカルシークエンス分野（松田浩一研究室）
Varalee Yodsurang*, Yaqi Tang, Yukie Takahashi, Chizu Tanikawa, Yoichiro Kamatani, Atsushi Takahashi, Yukihide Momozawa, Nobuo Fuse, Junichi Sugawara, Atsushi Shimizu, Akimune Fukushima, Asahi Hishida, Norihiro Furusyo, Mariko Naito, Kenji Wakai, Taiki Yamaji, Norie Sawada, Motoki Iwasaki, Shoichiro Tsugane, Makoto Hirata, Yoshinori Murakami, Michiaki Kubo, Koichi Matsuda
PloS one 13 (12), e0209096
2019.03.21.
博士課程修了 Varalee Yodsurang クリニカルシークエンス分野（松田浩一研究室）
*Okada K, Araki M, Sakashita T, Ma B, Kanada R, Yanagitani N, Horiike A, Koike S, Oh-hara T, Watanabe K, Tamai K, Maemondo Mnishio M, Ishikawa T, Okuno Y, Fujita N, Katayama R
EBioMedicine
2019.01.08
博士課程2年 岡田 康太郎 がん分子標的治療学分野（藤田直也研究室）
ALK融合遺伝子陽性肺がんにおける次世代ALK阻害薬ロルラチニブに対する薬剤耐性化機構はこれまでに多くが不明であった。今回、in vitroやin vivo、in sillicoにおける試験を複合的に行うことでこの耐性化機構の一端を解明することに成功した。
