４月入学は４月に入学し、１０月入学は１０月に入学します。修了予定の年月も入学時期に応じて変わります。
入学時期は出願時に入力します。口述試験日以降に入学時期を変更することはできません。また、入学時には入学資格を満たしている必要があります。
４月入学と１０月入学に重大な差はありませんが、受験生の便宜のために思いつく違いを以下に述べます。

東京大学としては４月入学と１０月入学に制度上の差を設けているということはありません。
しかし、日本の学校は幼稚園から大学まで、基本的には４月から学年が始まります。このため、日本社会のあらゆるところで学生は４月に入学することを想定しています。このことに起因する間接的な不利益や利益がいろいろと存在します。
メディカル情報生命専攻においては初歩的な講義は４月に、応用的な講義は１０月に開講されていることが多いです。１０月に入学した学生が初歩的な講義を取りたい場合には６か月間待つ必要があるかもしれません。
４月入学の方が学生の人数が多いため、３月の卒業式の方が豪華です。９月の卒業式の方がこじんまりしています。入学式も４月入学の方が豪華です。
３月末は日本の引っ越しシーズンで家賃の相場も高くなります。９月末の方が条件の良い賃貸住宅を見つけられるでしょう。これは１０月入学のメリットかもしれません。
修了後に日本で就職したい場合の話をします。新卒の就職市場では、多くの会社において４月に入社することを前提として募集が行われます。１０月に修士課程に入学した留学生が日本で就職する際には６か月間修士課程を延長して４月に入社する学生も多いです。博士課程は投稿論文の受理タイミングをコントロールすることが難しく、狙った日時に修了できるとは限らないので意図的に滞在期間を延ばそうとする学生は少ない印象があります。
COVID-19の大流行により、留学ビザをタイムリーに取得することが難しい現状です。入学試験合格後、入学までの期間が6ヶ月あれば、日本での生活準備に余裕ができ、最初の学期の初日から日本にいることが容易になります。A日程（夏期試験）の場合、試験日時点で海外に居住している方は、10月入学は不可となります。

同じです。合否判定時に入学時期は見ません。

両日程で合格率は違いますが受験者の分布もかなり違うため、難易度の差について何か言うことは難しいです。
A日程で定員に達した研究室はB日程では募集しませんし、B日程の募集人数は若干名ですので、可能な場合には必ずA日程で受験してください。